Au milieu du 16° siècle, dans sa capitale de Fatepur Sikri qu'il a fait construire exprès pour lui et qui sera abandonnée à la fin de son règne, l'empereur moghol Akbar éprouve la solitude du pouvoir. Tous le craignent mais il n'a pas d'ami. Ses fils sont des enfants gâtés dont il attend qu'ils se décident à comploter contre lui. Pour avoir quelqu'un à qui se confier il s'est inventé une épouse imaginaire, Jodhaa, qui est son idéal de femme. Mais il s'aperçoit que même avec elle il ne peut pas être totalement lui-même.